Количество и широта функций обработки и анализа данных – одно из главных достоинств Gwyddion. Эта глава посвящена описанию принципов их работы и возможных применений. Особое внимание уделялось объяснению того, как они работают и что они вычисляют или показывают. Также местами описываются элементы их интерфейса там, где это может быть полезно, однако, считается что читатель знаком с основами организации данных и элементов управления Gwyddion, как описывалось в предыдущей главе.