Функции из меню и панели кнопок выполняются или сразу, или после запроса о параметрах и настройках в диалоговом окне. Инструменты, доступные на панели кнопок Инструменты работают по другому. После выбора, они остаются активными и всегда следуют за текущим окном данных пока не переключишься на другой инструмент. Другими словами, при использовании инструмента можно свободно переключать окна данных и он всегда будет показывать информацию из окна с текущими данными или оперировать с ними. Инструменты также отличаются работой с выделенными областями, т.е. точками, линиями и прямоугольниками на окнах данных. Тем не менее, они выполняют те же задачи. что и функции меню – считывают значения, выравнивают, подсчитывают статистику, корректируют ошибки и т.п.
Инструменты можно запустить только с одноимённой панели кнопок, расположенной в главном окне. Gwyddion включает в себя следующие инструменты:
Считывает значения в месте щелчка мыши.
Измеряет расстояния. Подобно инструменту чтения значений он позволяет измерить горизонтальное, вертикальное и евклидово расстояние и угол между точками поля данных. В дополнение он показывает разницу значений между точками.
Извлекает профили поля данных и помещает их в отдельные графики. Эти графики можно дальше обрабатывать командами из меню .
Просматривает и извлекает данные спектроскопии в точке
Рассчитывает основные статистические величины (среднеквадратичное отклонение, Ra, минимум, максимум, площади поверхности и проекции, и т.п.) на выделенных областях и полных полях данных. Также может рассчитывать их только на области под маской или комбинировать эти два способа выбора интересующей области.
Рассчитывает основные статистические функции (распределения высот и наклонов, функцию автокорреляции, функцию спектральной плотности мощности и т.п.) на выделенной области или полном поле данных.
В некоторой степени дополняя одномерные статистические функции, этот инструмент строит характеристики, такие как среднее, срединное или длина поверхности для каждой строки (столбца).
Рассчитывает стандартизированные одномерные параметры шероховатости.
Выравнивает данные с помощью плоскости, полученной щелчком мышью по трём точкам в окне данных. Три значения затем могут быть усреднены по небольшой области вокруг выбранной точки.
Инструмент выравнивания строк путём выравнивания высот вдоль набора произвольных прямых линий.
Выравнивает строки и столбцы аппроксимацией полиномом и его вычетом.
Отрезает часть данных.
Редактирование масок вручную: создание, исключение, пересечение, инверсия, нарастание и уменьшение, ...
Рассчитывает параметры отдельного зерна.
Удаляет непрерывные части маски нажатием на точку маски и.или интерполирует (удаляет) данные под непрерывной частью маски.
Удаляет пятна вручную. После выбора точки в окне данных, пометьте область, которую нужно интерполировать на увеличенном виде и удалите дефект используя выбранный метод интерполяции.
Растягивает диапазон цвета или меняет способ отображения шкалы псевдоцвета. Позволяет пользователю изменить диапазон представления псевдоцвета (по умолчанию от минимума до максимума данных).
Основные фильтры – среднее, срединное, выборочная уборка шума, минимум. максимум и подобные простые фильтры, уменьшающие шум данных.
Показывает выбранные области канала и копирует их в другие каналы или файлы.
Диалоговые окна инструментов могут быть закрыты (точнее, скрыты, поскольку текущий инструмент остаётся активен даже если его диалоговое окно не показывается), помимо нажатия на кнопку , нажатием клавиши Esc или повторным нажатием на кнопку инструмента в панели инструментов.