Окна графиков используются для обработки одномерных данных. Они создаются с помощью соответствующих инструментов и модулей, которые извлекают графики из данных поля высот. Также в настоящее время возможен импорт данных спектроскопии из некоторых файлов данных СЗМ. Однако, поддержка работы с одномерными данными не слишком развита, поскольку основным предназначением Gwyddion является создание инструментов для анализа двумерными данными.

Окно графика состоит из трёх вкладок: первые две представляют графический и табличный вид одномерных данных, третья показывает список кривых графиков. Некоторые из инструментов, связанных с просмотром одномерных данных, доступны непосредственно в панели инструментов окна графика, а именно, кнопки масштабирования и включения логарифмических осей. Все возможные операции доступны в меню график основного окна Gwyddion.

Окно графика с тремя профилями.

Чтобы править вид кривой можно или щёлкнуть по ней на графике, или активировать (двойным щелчком) соответствующую строку в кривых. Отдельные кривые можно удалить выбором их на вкладке кривые и нажатием Delete. Также можно скопировать отдельные кривые на другие графики перетаскивая строчки из списка кривых на них (в том случае, если графики совместимы по единицам измерения на осях).

Щелчок на оси графика выводит диалоговое окно со свойствами оси. Свойства легенды можно редактировать с помощью двойного щелчка по ней.