Le code source de Gwyddion et les paquets binaires peuvent être téléchargés à partir de la page internet de téléchargement du projet, ou à partir de la page de téléchargement SourceForge.net. L'installation varie légèrement selon le système d'exploitation utilisé et les différentes méthodes d'installation seront décrites dans les sections qui suivent.

Gwyddion nécessite ou peut utiliser différentes librairies logicielles, décrites dans la section Dépendances de compilation. Si vous installez des paquets binaires précompilés vous n'avez normalement pas besoin de vous occuper des composants nécessaires car le créateur des paquets s'en sera occupé et garantira que tous sont présents. Toutefois ces librairies sont importantes si vous compilez Gwyddion à partir du code source.

Pour démarrer avec Gwyddion vous pouvez aussi télécharger les fichers d'exemple Gwyddion . Ils sont donnés au format Gwyddion natif et représentent des données AFM typiques.