Gwyddion possède quelques fonctions basiques de visualisation et d'extraction de données de spectroscopie ponctuelle (nous appelons ici « spectres » toutes courbes mesurées ou rattachées à des points individuels de l'échantillon). Si l'import de spectres est supporté par un type de fichier, ceux-ci apparaîtront dans l'onglet Spectres du navigateur de données. Des spectres indépendants peuvent être ajoutées aux données bi-dimensionnelles en utilisant la fusion de fichiers.
L'outil de base pour la visualisation et l'extraction est l'outil de spectroscopie ponctuelle. Il affiche une liste des points de mesure et affiche leurs positions dans la fenêtre de données. Les courbes individuelles peuvent être sélectionnées dans la liste ou sur les croix dans la fenêtre de données. Si le fichier contient plusieurs groupes de spectres, on peut sélectionner celui que l'on souhaite dans l'onglet Spectres du navigateur de données.
Le bouton extrait le groupe de courbes sélectionnées vers un graphe qui peut alors être analysé par les fonctions standard des graphes.
